Майкл, Ти-Бэг, Беллик и Махоун заключены в тюрьму «Сона». Линкольн пытается придумать, как помочь брату. Сьюзан Би, представительница «Компании» заключает с Линкольном договор, что Майкл поможет Уистлеру бежать из тюрьмы. При этом шантажирует его видеозаписью, из которой видно, что Сара и Эл-Джей у них в заложниках. Махоуни хочет стать другом Майкла и в подстроенном бою помогает Майклу избежать смерти от удара ножом в спину. Беллик драит сортиры и в подвальном помещении, куда выносят мусор, через стену знакомится с незнакомцем, который за еду просит передать его записку Майклу. Ти-Бэг становится помощником Лечеро, неофициального тюремного короля.
02 Fire / Water/ Огонь и вода
Майкл спускается в канализацию и обнаруживает за стеной Уистлера. Говорит, что поможет ему бежать из Соны. Сукрэ приходит в «Сону» и угрожая Беллеку, пытается выяснить, где его Марикруз. Махоуни тоже обнаруживает Уинстлера. Заключенные бунтуют из-за нехватки воды. И Майкл дает им воду, взорвав водопровод. Махоуни выводит из подземелья Уистлера. Лечеро отдает Уистлера Майклу, потому что тот дал заключенным воду, тем самым оставив Лечеро на должности короля Соны. Девушка Уистлера в ячейке банка забирает книгу для него. Но на улице ее поджидает Линк и вырывает у нее сумку.
03 Call Waiting / В ожидании звонка
К Майклу приходит Линк. Показывает фотографию Сары. На ней она держит газету так, что ее пальцы как бы указывают на статью, в которой идет речь о городе Санта-Рита. Братья предполагают, что таким образом Сара указала на город, где их держат в заложниках. Майкл пытается выяснить, кто на самом деле Уистлер и что «Компании» нужно от него. Взамен на молчание о преступлениях Ти Бэга Майкл получает доступ к мобильнику Лечеро. Адвокат Махоуни сообщает ему, что суд над ним состоится только через год! Воспользовавшись мобильником Лечеро, Майкл едва успевает положить его обратно на базу. Линк тем временем в городе ищет памятники со Святой Ритой, покровительницей отчаявшихся, о которой намеками дала понять Майклу Сара в телефонном разговоре. Сара замечает через окно Линка, снимает одну туфлю и кидает ее, разбивая окно. Сару и Элджея успевают посадить их в фургон и увезти в другое место. Линк снова приходит к Майклу и говорит, что освободить Сару и Элджея ему не удалось. Уистлер рассказывает Майклу, что однажды в море он выходил с одним человеком, который брал пробы воды. Через несколько месяцев Уистлеру позвонили и спросили, где он брал на борт этого человека. Уистлер сказал, что не помнит. Тогда ему подстроили драку в баре и посадили в «Сону». А в той книге, которая сейчас у Майкла, координаты и ориентиры маршрута. Ти Бэг подставляет окружение Лечеро, сообщая боссу, что они готовят против него заговор.
04 Good Fences / Лазейка
Сьюзан Би за попытку освободить Сару и Элджея присылает Линку, в коробке отрезанную голову Сары. Майкл просит Линка попросить помощи у могильщика. Во время переговоров могильщика убивает Сьюзан Би. Из за «ломки» Махоуни видит мертвого Психа, просящего убить Майкла. Личеро назначает Ти Бэга новым наркоторговцем. Беллик рассказывает «королю» про план Майкла бежать из тюрьмы. Махоуни угрожает Майклу, что убьет его, если тот попытается его обмануть. Сукрэ становится новым могильщиком.
05 Interference / Помехи
Майкл, Уистлер и Махоуни продолжают работать на планом побега. Майкл достает бинокль и с его помощью следит за часовыми. Увидев блик от бинокля, охранники решают, что из тюрьмы за ними следят в оптический прицел оружия и врываются в тюрьму. Найдя в камере Майка бинокль, охранники запирают ее вместе с частью плана побега. В тюрьме появляется новый заключенный — Тиг. Он называет Уистлера МакФаденом и утверждает, что видел его в 98-м в Ницце вместе с послом. Уистлер все отрицает.
06 Photo Finish / Фотофиниш
Майкл не доверяет словам Уистлера, и интересуется у Тига, правду ли он сказал на счет него. В тот же день Тига находят мертвым с перерезанным горлом, и подозрения в его убийстве падают на Уистлера. Теодор хочет подставить Семи, правую руку Личеро, подкинув улику против него на место преступления. Майкл находит в камере Алекса окровавленный нож и с этой уликой идет к Личеро, но они не успевает схватить Алекса, так как его выпускают из Соны и депортируют в США в обмен на показания против президента Рейнальдс. Майкл узнает о смерти Сары и в отчаянии бросает вызов Уолтеру.
07 Vamonos / Уходим!
Вызов Майклом Уистлера на драку был отвлекающим маневром. В то время, как все заключенные собираются во дворе в ожидании боя, Майкл и Уистлер пытаются убежать, но это им не удается. Им приходится вернуться на ринг и вступить в бой. Охранник замечают лестницу у окна камеры Семи и врываются в тюрьму, наказывая за попытку побега человека из окружения Лечеро. Полковник выказывает недоверие Лечеро, и он, чувствуя, что его трон шатается, решает бежать вместе с Майклом. Линкольн совершает неудачную попытку освободить Эл-Джея. После неудачной попытки побега, Сьюзен приходит в тюрьму навестить Уистлер, и они решают перенести побег еще на 4 дня. Слушанье по делу Махони постоянно откладывается и ему начинает казаться, что целью ФБР является он сам, а не заинтересованность в его показаниях.
08 Bang and Burn / Вжик! — и свободен
После провала плана побега, Компания приказывает Сьюзен избавится от Майкла, Линкольна и Эл-Джея и штурмом освободить Уистлера из Соны. Догадавшись об этих планах, Майкл срывает их. Подозревая Майкла в двух неудачных побегах, новый начальник тюрьмы забирает его из «Соны». Находясь в неадекватном состоянии из-за наркотической зависимости, Махоуни проваливает свое слушанье и его оставляют в «Соне».
09 Boxed in / В клетке
Генерал Завалья, новый начальник тюрьмы, давит на Майкла и тот признается во всем, что связано с Уистлером. Уистлер сдает Гретхен Морган (Сьюзен Би) генералу, он допрашивает её и, сдавшись, она соглашается отвезти их к месту, где держат Эл-Джея. Приведя генерала в ловушку, она вырывается из рук военных и убивает генерала. Бэгвел хочет руками невменяемого Махоуни покончить с Семи, чье влияние в «Соне» постепенно возрастает. Линкольн и Сукре инсценируют ссору. Сукре начинает докладывать Сьюзен о каждом шаге Линкольна, ведя двойную игру.
10 Dirt Nap / Заживо погребённый
Семи устраивает переворот, занимает место Личеро и устанавливает награду за поимку Майкла. Бэгвелл через Беллика предпринимает неудачную попытку покончить с Семи. Люди Семи находят тоннель, в котором скрывается Майкл. Заманив Семи в ловушку, Майкл осыпает на него тоннель, а Личеро, разделавшись с остальными людьми Семи вновь возвращается ко власти. Линкольн с помощью Сукре подбрасывает в машину Сьюзен взрывчатку. В это время Сьюзен сообщает Сукре, что она догадывается об их с Линкольном замысле и угрожает убить Марикруз.
11 Under and Out / Выход — внизу
Люди Компании захватывают Софию. Шантажируя Сукре, Сьюзен узнает про планы Линкольна. Из-за дождя Майкл переносит дату побега — теперь они должны выбраться как можно скорее, пока не обрушится тоннель. Бэгвелл, Личеро и Беллик объединяются против Майкла с Уистлером и решают бежать первыми. Когда к побегу все готово, все замирают на своих позициях в ожидании, когда отключат свет.
12 Hell or High Water / Чрез тернии
Как только выключился свет, Бэгвелл, Личеро и Беллик вышли на нейтральную полосу, но свет внезапно включился и их поймали. Личеро ранили. Пока охранники считали людей и искали тоннель, остальные участники побега успевают выбраться за пределы тюрьмы. Сукре арестовывают. Отец парня-баскетболиста приезжает за беглецами на лодке. Гретхен вычисляет, где они находятся, но они успевают оторваться. Братья, Уистлер и Махоуни приезжают на склад. Уистлер сбегает.
13 The Art of the Deal / Искусство обмена
Майкл догоняет Уистлера. Сукре отпускают, но тут же арестовывают снова, так как Ти-Бэг сдаёт его. Майкл назначает встречу с Гретхен в людном месте, но не для обмена, а для того чтобы убедиться что София и Эл-Джей живы. Следующая встреча проходит в фойе музея античности, на входе которого стоят металлодетекторы. Обмен состоялся. При выходе Софию ранят. Сукре пытают чтобы выяснить где Майкл Скофилд и после этого сажают в «Сону». Там Ти-Бэг с помощью Личеро и его подруги достает деньги, а затем убивает Личеро, захватывая власть в «Соне». София сказала, что у неё дома под кроватью есть кое-что, связанное с Уистлером. Майкл решает добраться до Уистлера.
Побег из тюрьмы - сезон 03 (2007—2008) 
